Según explicó el T.C. Carlos Fernando Silva Rueda, Subdirector General de la Aeronáutica Civil, este error se produjo “como resultado de una ilusión óptica conocida como agujero negro lo cual se experimentó durante la aproximación nocturna a una pista rodeada de mínimo contraste y mucha iluminación focalizada, agravada por malas condiciones meteorológicas y lluvia”. La Aerocivil en un comunicado advirtió que “de acuerdo a la taxonomía OACI, como se clasifican los accidentes a nivel internacional, se ha concluido que el caso que nos ocupa es un evento CFIT, el cual es vuelo controlado contra el terreno, donde se pudo demostrar que no hubo fallas en la aeronave, ni en las ayudas aeroportuarias, ni aeronáuticas de San Andrés”. El Coronel Silva agregó que “la tripulación hizo una aproximación por debajo del ángulo correcto, que en el caso de San Andrés es de tres grados” y concluyó que “el informe técnico que saca la Aeronáutica Civil no busca determinar una culpa o una responsabilidad, sino prevenir que en el futuro ocurran estos accidentes, razón por la cual de aquí salen recomendaciones a todos los participantes del sistema aeronáutico, en particular los aviones 737 y la compañía afectada”. Para la investigación de lo ocurrido con el vuelo Aires HK4682, la Aerocivil, de acuerdo a los RAC (Reglamentos Aeronáuticos de Colombia), conformó una Junta Investigadora de Accidentes con profesionales de las más altas calidades en áreas específicas como operaciones aéreas, factores humanos, aeródromos, meteorología aeronáutica, mantenimiento y servicios de tránsito aéreo, así mismo, se contó con el acompañamiento de representantes de organismos internacionales especializados en el tema.