Tuberquia se entregó a una patrulla de la Policía Nacional el 19 de julio de 2003, en el municipio de Dabeiba, Antioquia, y después de ser indagado por la Fiscalía, fue condenado a una pena de 43 meses, 23 días y una multa de 20 millones 800 mil pesos, por el delito de rebelión.De acuerdo con la resolución 52 del Ministerio del Interior y Justicia, después del proceso de juzgamiento las autoridades determinaron que Tuberquia podía acogerse al indulto consagrado en la Ley 418 de 1997.Según la resolución, Tuberquia, quien había confesado pertenecer al frente 5 de las FARC, no podrá "ser procesado ni juzgado por los mismos hechos que dieron lugar a la concesión del beneficio del indulto" y adicionalmente el indultado se compromete a no cometer ningún delito doloso durante los próximos dos años, de lo contrario perderá el beneficio.