Las comunidades indígenas son el grupo étnico más golpeado por la violencia que supuestamente iba a terminar con la firma del acuerdo de paz. Un informe elaborado por la Organización Indígena de Colombia (Onic), que agrupa a los 102 pueblos aborígenes existentes en el territorio nacional, reveló que desde noviembre de 2016 hasta diciembre 8 de 2018, hubo 18.761 casos de violación de Derechos Humanos contra esa comunidad. Ese estudio concluye que los líderes indígenas fueron sometidos a esas violaciones por cuenta de sus actividades en defensa de sus territorios, su oposición a megaproyectos de extracción minera o por estar en zonas de control del narcotráfico.