Aunque reiteran su respaldo al proceso de paz, esta decisión pone una línea roja ya que en muchas regiones los resguardos se traslapan con zona de presencia histórica y permanente de la guerrilla (ver mapa). Adicionalmente, los indígenas piden que se les consulte cómo será la implementación de los acuerdos en sus territorios. Al respecto, hay dos temas especialmente sensibles: el agrario, pues muchos temen que las zonas de reserva campesina vayan en detrimento de las tierras indígenas. Y la justicia. Existe el interrogante sobre si los indígenas que dejen las armas con las Farc podrían ser juzgados por sus comunidades y reintegrados por ellas mismas, y no bajo el esquema que se aplique a la guerrilla.