Varias interrogantes se han dado alrededor de la privación de la libertad del general Rubén Darío Alzate por parte de las FARC en zona roja del Chocó. En el fondo, las que más resaltan es si este episodio fracturará el suspendido proceso de paz que adelantan el Gobierno y las FARC en La Habana, y si el presidente Juan Manuel Santos tomó la decisión correcta al congelar la negociación. De acuerdo con el senador Roy Barreras, del Partido de la U, “no habrá ruptura alguna en los diálogos”. El parlamentario precisó que si bien esta es una situación dura, “el presidente Santos actuó con firmeza a la hora de suspender el proceso hasta que no se libere al general Alzate y a los demás secuestrados”. Barreras reprochó que las voces más críticas de lo que se discute en Cuba, en clara referencia al uribismo, hayan pretendido “celebrar el secuestro y la suspensión de los diálogos de paz” luego del anuncio del jefe de Estado y resaltó que “la prioridad ahora no es acusar a nadie: es liberar a los secuestrados”. Sin embargo, para Álvaro Leyva, asesor de la mesa de negociación en La Habana, “alguien debe pagar por los platos rotos”. En efecto, en las últimas horas varias opiniones han cuestionado el hecho de que Alzate esquivara todos los protocolos de seguridad al entrar en una zona de conflicto vestido de civil y sin guardaespaldas (en el momento de su captura lo acompañaban el cabo segundo del Ejército Jorge Contreras Rodríguez, la abogada Gloria Urrego y un soldado que logró escapar). “El comandante no se puede ir en bermudas a meterse en la boca del lobo”, sentenció Leyva, quien además aseguró que “no ha sucedido nada extraordinario” en el caso, pues se está negociado en medio del conflicto. Algo similar mencionó el expresidente de Acore y actual miembro de la Comisión de Conciliación Nacional, general Juan Salcedo Lora. Según él, Alzate tendrá que “responderle a su superior inmediato” pues la forma en la que fue capturado se dio en condiciones “rarísimas (…) el hecho es muy extraño, aunque la reacción del presidente sea normal”. El general en retiro advirtió que si las FARC exigen una contraprestación por la libertad del general el “crimen se convertirá en uno de lesa humanidad” y anotó que el grupo subversivo puede soltar al uniformado sin comprometer a los diálogos de paz. Por otra parte, Iván Cepeda, uno de los senadores que más ha apoyado este proceso de negociación, reconoció que esta suspensión se dio "por presión del sector militar". A pesar de esto, nunca reprochó la decisión de Juan Manuel Santos. Uno de los temas que surgió luego de este tormentoso momento de la negociación, es la posibilidad de un cese bilateral de acciones. Para el senador del Polo Democrático, "habría que aplicar todas las energías para que la mesa llegue a esos acuerdos” y recordó que “la mesa ya encontró el punto medio (…) se está empezando a discutir en desescalar el conflicto”.