Los acuerdos de paz diseñaron la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) como un mecanismo para cerrar el conflicto armado; pero los cambios que hicieron la Corte Constitucional y el Congreso, alteraron sustancialmente lo acordado con las FARC. Según el fallo de la Corte, que declaró exequible el Acto Legislativo que crea la JEP, los terceros civiles sólo concurrirán a la JEP de forma voluntaria. La corte sostiene que se les estaría violando el principio de legalidad y de juez natural a los terceros civiles si se les obliga a comparecer a esta jurisdicción. A pesar de que el Acuerdo dice que el único fuero en el que la JEP no tendrá competencia es el de los expresidentes de la República; la Corte también decidió ampliar este fuero a todos los agentes del Estado, tales como ministros, gobernadores, alcaldes y congresistas, quienes serán investigados y juzgados por la justicia ordinaria; salvo que se sometan a la JEP voluntariamente. Para los militares, esta ampliación del fuero también podría cobijar a los generales y almirantes que sean señalados de haber cometido delitos relacionados con el conflicto. Según el excomandante en jefe de las Fuerzas Militares, Gral. (R) Juan Pablo Rodríguez: “Los miembros de la Fuerza Pública, por haber participado en el conflicto, evidentemente tienen que asistir de manera obligatoria a la JEP, porque la JEP se hizo para atender todas la conductas directas o indirectas del servicio (…) sin embargo en el artículo 235 existe un fuero constitucional, en el cual están incluidos los generales y almirantes, nosotros estamos esperando lógicamente que sea la Corte Constitucional que sea la que evidentemente se exprese sobre este sentido y defina la situación particular de los generales y almirantes” La semana pasada, el Congreso aprobó la ley estatutaria que regula la JEP con varios cambios a lo acordado en Cuba. En el texto se incluyó un nuevo régimen de inhabilidades para los magistrados del Tribunal de Paz, que impediría posesionarse en ese cargo a toda persona que haya litigado casos de derechos humanos contra el Estado o haya hecho parte de una organización que tuviera esos litigios; afectando así a 10 de los magistrados nombrados hace dos meses por el Comité de Escogencia. Así mismo, también quedó establecido que los delitos de violencia sexual a menores no tienen ninguna relación con el conflicto armado. Es decir, aquellas personas señaladas de haber cometido delitos de violencia sexual en contra de niños y adolescentes, perderán todos los beneficios de la JEP y serán juzgados por la justicia ordinaria. Finalmente, en la ley se acotó la competencia de la JEP frente a los delitos continuados. A los excombatientes de las FARC que se les compruebe su responsabilidad en delitos cometidos después del primero de diciembre de 2016; se les quitarán todos los beneficios de la JEP, serán juzgados por la justicia ordinaria e incluso pueden ser extraditados.