Según la Fiscalía, la orden de asesinar a monseñor se habría dado luego de una cumbre realizada por cinco comandantes guerrilleros. Así lo confesó al ente investigador un ex guerrillero.Estas y otras pruebas que fueron recogidas a lo largo de ocho meses, llevaron a que se inicie un proceso formal en contra de los presuntos autores intelectuales del crimen.Tras las investigaciones, la Fiscalía abrió investigación contra Pedro Antonio Marín, "Tirofijo"; Jorge Briceño Suárez, el "Mono Jojoy"; Luis Édgar Devia, "Raúl Reyes"; Guillermo León Sáenz, "Alfonso Cano"; Rodrigo Londoño Echeverry, "Timoleón Jiménez"; Noel Matta, "Efraín Guzmán", y Jorge Torres Victoria, "Pablo Catatumbo".