Estas investigaciones periodísticas hechas por SEMANA trataron temas coyunturales de la historia de Colombia y fueron un antes y un después en el esclarecimiento de dichos procesos. Algunas de las más importantes fueron: "El ‘dossier‘ paramilitar", publicadA el 11 de abril de 1989, en el que se explicaba por primera vez el origen y funcionamiento del paramilitarismo en el país; "La monita retrechera", del 8 de agosto de 1995, un artículo que develó un audio que vinculaba al expresidente Ernesto Samper con el cartel de Cali, y "El computador de Jorge 40", publicadA el 2 de septiembre de 2006, que trata sobre la lista de víctimas y colaboradores de las AUC que tenía el jefe paramilitar en su computador.