El 4 de septiembre de 2025, José Ismael Peña fue retirado del cargo de rector de la Universidad Nacional, tras una decisión de la Sección Quinta del Consejo de Estado. Anularon su nombramiento y desde entonces libró una batalla por regresar a la rectoría. Este martes, el Tribunal de Bogotá le abrió las puertas de la universidad.
Tras resolver una tutela, el Tribunal de Bogotá ordenó al Consejo Superior Universitario reintegrar a José Ismael Peña al cargo de rector, luego de concluir que se vulneraron derechos fundamentales en las decisiones que lo dejaron fuera de la universidad.

“En consecuencia, se revocará la decisión de primera instancia, y se considera amparo solicitado, ordenando al Consejo Superior Universitario de la Universidad Nacional de Colombia adoptar las medidas necesarias para garantizar el ejercicio del cargo por parte del accionante, conforme al acto de elección contenido en el acta 05 del 21 de marzo de 2024”, dijo el Tribunal.
En la decisión, los magistrados le dan términos al Consejo Superior Universitario para que en las próximas 48 horas, luego de notificarse de la decisión, se adopten las órdenes impartidas por esta jurisdicción, en el sentido de regresar al cargo al ahora rector José Ismael Peña.
“Ordenar al Consejo Superior Universitario de la Universidad Nacional de Colombia, que dentro de los términos de 48 horas siguientes será la notificación de esta providencia de las medidas necesarias para hacer efectivo el ejercicio del cargo del rector por parte del señor José Ismael Peña Reyes”, advierten los magistrados del Tribunal de Bogotá.

Insisten desde el Tribunal, que luego del estudio de la tutela se confirmó una vulneración de derechos que deben ser reparados vía tutela y en favor de José Ismael Peña, ahora como rector de la Universidad Nacional, en el cargo que desde 2024, se supone, debería ocupar.
“Esta orden se adopta en protección directa del derecho fundamental, vulnerado, sin que indique pronunciamiento sobre eventuales controversias administrativas adicionales, que pueden ser objeto de control por la jurisdicción competente”, explicó el Tribunal de Bogotá tras tomar la decisión de regresar al cargo a José Ismael Peña.
Para el Tribunal, la autonomía universitaria no puede ignorar los actos administrativos y mucho menos sustituir el “control judicial”, esto tras la decisión que en este caso regresa al cargo al rector José Ismael Peña posterior al estudio y conclusión de la tutela. Esa misma autonomía universitaria “no puede convertirse en un mecanismo para desplazar la presunción de legalidad”, señaló el Tribunal.
